La structure porteuse de la mise en oeuvre du Document d'objectifs (collectivité ou à défaut l'État) assure en propre ou fait appel à une structure animatrice pour cette mission. L'animateur peut donc être une collectivité territoriale, un établissement public, une organisation professionnelle, une association, un parc national ou naturel régional, une réserve naturelle, etc.).
La « structure animatrice » est chargée de la mise en oeuvre des actions et du suivi de l'atteinte des objectifs du Document d'objectifs ; elle rend compte périodiquement de son travail au comité de pilotage. Elle doit donc satisfaire à des critères de compétences scientifiques (écologie) et techniques (gestion des milieux naturels) ainsi que d’aptitudes à la négociation.
Elle est en charge de tous les aspects financiers, administratifs, techniques et de communication autour du projet.